形态学实验室是基础医学实验教学的重要实验室之一，正式成立于1999年 6月，2002年通过了贵州省基础课教学实验室的合格评估。现为贵州省基础医学实验教学示范中心（2012年）和国家级医学虚拟仿真实验教学中心（2015年）的重要组成部分。

形态学实验室位于教学楼III的C、D腿1-2楼，面积达2800 m²。根据实验室布局进行功能分区，1楼为科研服务区，2楼为常规本科实验教学区。1楼为形态学实验室的科学研究实验区，拥有倒置荧光显微镜、CO2培养箱、体式显微镜、图像分析系统仪、全自动数字化切片扫描仪、俫卡CM1900冰冻切片机、石蜡切片机、石蜡包埋机、全自动脱水机等设备30余台及无菌操作室、动物饲养室、实验技术室、染色室、洗涤室、准备室等多个功能分区，构建了组织切片制作、免疫组化、细胞培养等多个科研平台，可开展设计性、综合性性实验以及大学生创新创业项目和科技人员的科学研究。近三年，为我校科技人员提供组织切片制作、冰冻切片制作等技术服务达50余人次；2楼为常规本科实验教学区，随着我校教学规模的日益发展壮大，实验室抓住中央财政支持地方高校发展专项资金机遇加快硬件建设，建成可同时容纳517名学生开展实验教学的显微互动实验中心，于2017年9月已投入使用，建成11间显微互动实验室，基本满足我校组织胚胎学、人体寄生虫学、医学细胞生物学、病理学、口腔病理学、诊断学、生物药学等多个学科的实验需求,搭建了实验教学共享平台。

实验室现有专职管理人员10人，教授1人，高级实验师4人，中级实验师2人，初级实验师3人。有组织胚胎学、细胞生物学、寄生虫学、病理学三门学科的实验教师队伍50人。主要承担本科专业《组织胚胎学》、《医学细胞生物学》、《人体寄生虫学》和《病理学》四门课程实验教学，年均完成实验教学任务8000余学时。在注重硬件建设的同时，也加强实验室管理，建立了完善的实验室管理制度和实验室岗位职责，通过绩效考核实行奖勤罚懒，发挥了各位老师的工作积极性，有效提高了工作效率和管理水平。